Trần Thúc Nhẫn được an táng tại làng Hiền Sĩ, xã Phong Sơn, huyện Phong Điền, tỉnh Thừa Thiên Huế[4]. Mộ ông ban đầu chỉ đắp bằng đất, rất đơn giản. Năm 1940, ông được con cháu cải táng về nghĩa trang Cô Dí của làng, thuộc xã Quảng Thọ, huyện Quảng Điền, cùng tỉnh. Đầu năm 1986, chính quyền xã Quảng Thọ ra quyết định di dời tất cả mồ mã ở nghĩa trang Cô Dí để xây trường học. Vì vậy, ngày 3 tháng 3 năm 1986, cháu chắt ông đã phải cải táng ông và vợ ông sang đồi "Tùng Thiện" (cạnh chùa Từ Hiếu; nay thuộc phường Thủy Xuân, thành phố Huế) cho đến nay.

Mộ Trần Thúc Nhẫn và mộ vợ ông nằm song song với nhau, xung quanh được bao bọc bằng la thành. Khu mộ rộng 7,3m; dài 6m, được xây dựng theo kiểu hình chữ nhật, đơn giản nhưng thanh thoát. Vật liệu xây dựng chủ yếu là đá chẻ và xi măng. Tháng 10 năm 1994, khu mộ Trần Thúc Nhẫn được công nhận là di tích cấp quốc gia theo Quyết định số 2754-QĐ/BT ký ngày 15 tháng 10 năm 1994 [5].